Der Sohn eines Schiffbauers emigrierte 1915 nach seinem Schulabschluss nach Norwegen, da er als überzeugter Pazifist dem 1. Weltkrieg entgehen wollte. Nach seiner Rückkehr nach Hamburg 1918 versucht er 1919 gemeinsam mit seinem Lebensgefährten Gottlieb Friedrich Harms eine quasi-religiöse Agrarkommune namens UGRINO zu gründen, die Pläne scheitern allerdings. In dem gleichen Jahr veröffentlicht er sein erstes Drama, Pastor Ephraim Magnus, für das er 1920 mit dem in der Weimarer Republik renommierten Kleist-Preis ausgezeichnet wird. Von 1922 bis zu dem Verlust seines Amtes 1933 bestritt Jahnn seinen Lebensunterhalt hauptsächlich als amtlicher Orgelsachverständiger und Orgelbauer und verfasste parallel dazu sowohl den größten Teil seines dramatischen Werkes als auch den (unvollendet gebliebenen) Roman Perrudja.

Obwohl sein Verhältnis zu dem Nationalsozialismus von Ambivalenz auf Gegenseitigkeit geprägt war (er war u.a. Mitglied der Reichsschrifttumskammer, konnte ungestört veröffentlichen und blieb von den Nationalsozialisten unbehelligt), emigrierte er 1933 in die Schweiz und erwarb 1934 den Bauernhof Bondegaard auf Bornholm in Dänemark, den er bis 1950 bewirtschaftete. Auf Bornholm verfasste er auch den größten Teil seines Hauptwerkes Fluß ohne Ufer, einer gewaltigen Trilogie von über 2 Tausend Seiten, deren letzten Band Epilog er nicht abschloss. 1950 kehrte er zurück nach Hamburg und setzte sich vor allem gegen die Entwicklung von Atombomben und die Wiederbewaffnung der Bundesrepublik ein. 1956 reiste er nach Moskau, 1959 verstarb er in Hamburg an einem Herzinfarkt. Sein letzter, wiederum unvollendeter Roman Jeden ereilt es erschien erst posthum 1968, die Erzählung Die Nacht aus Blei, ein Auszug daraus, erschien schon in dem Jahr 1956.

Im Zentrum von Jahnns Werk steht durchgehend die existentielle Angst vor dem Dasein, die dem Menschen unauflöslich bleibt und ca. vom Eros und der Liebe konterkariert werden kann. Der Verlust von Liebe und Sexualität ist daher stets ein tragischer Sturz in fundamentale Qualen über die reine Trauer hinaus. Diesen Pessimismus ergänzt Jahnn durch eine antichristliche, fast heidnische Ästhetik, welche sich gegen die Zivilisation zugunsten eines archaischen Mythos erhebt.

Mit seinem Werk ist Jahnn eine singuläre Erscheinung in der deutschen Literatur und lässt sich keiner Bewegung zuordnen. Die spätexpressionistischen Elemente in seinem Frühwerk überwand er schnell zugunsten eines originären Stil in der Art eines "magischen Realismus".

• Werke und Tagebücher in sieben Bänden. Mit einer Einleitung von H. Mayer. Hrsg. von Th. Freeman und Th. Scheuffelen. 1974
• Werke in Einzelbänden (Hamburger Ausgabe). Hrsg. von U. Schweikert. Hamburg 1985 ff.

• Perrudja, Roman, 1929, (unvollendet)
• Fluß ohne Ufer, Romantrilogie, 1949-1951, (unvollendet)
• Die Nacht aus Blei, Erzählung, 1956
• Jeden ereilt es, Roman, 1968, (unvollendet)
• Ugrino und Igrabanien, Romanfragment, aus dem Nachlass veröffentlicht, 1968

• Pastor Ephraim Magnus, 1919
• Die Krönung Richards III., 1921
• Der Arzt, sein Weib, sein Sohn, 1922
• Der gestohlene Gott, 1924
• Medea (Tragödie), 1926, 2. Fassung 1959
• Neuer Lübecker Totentanz, 1931
• Straßenecke, 1931
• Armut, Reichtum, Mensch und Tier, 1933, 2. Fassung 1948
• Spur des dunklen Engels, 1952
• Thomas Chatterton (Tragödie), 1955
• Die Trümmer des Gewissens, 1961

• Dreizehn nicht geheure Geschichten, Erzählungen, Hamburg 1954
• Eine Auswahl aus dem Werk. Mit einer Einleitung von W. Muschg. Freiburg i. Br. 1959
• Das Hans Henny Jahnn Lesebuch. Hrsg. von U. Schweikert. Hamburg 1984

• Beiträge zur Kulturzeitschrift Der Kreis